Con la salida de Enrique Tolcachier, la dirigencia de Gimnasia y Esgrima tomaría la decisión de repatriar a la Liga Nacional al director técnico Fernando Duró, quien se encontraba trabajando en Italia. Allí se comenzó a formar un equipo identificado con la ciudad. 
Entre los mayores, la única cara nueva para Gimnasia era Sebastián Festa, que llegó para darle experiencia y recambio al puesto de base que comandaría Cocha. Por su parte, la dupla de foráneos en el arranque de la temporada fue compuesta por Lamont Roland y Damon Thornton. Además, Matías Barberis ocupó la ficha sub 23 y completaban los juveniles Santiago Haag y Nicolás De los Santos. 
En el arranque de la temporada Gimnasia terminaría la primera fase en la séptima posición de la Zona Sur, con un récord de 6-8 y una sola victoria en el Socios Fundadores. En el comienzo de la segunda fase, la racha negativa continuaba, y así cerraría el año 2005, posicionándose en una inesperada 12ø posición.

INSTINTO GANADOR

En lugar de Lamont Roland llegaría Charles Jones, con pasado en la NBA y un instinto ganador por naturaleza. De esta manera, Gimnasia inició el 2006 con dos triunfos consecutivos. Llegaría el Juego de las Estrellas y el plantel dirigido por Duró aprovecharía ese tiempo para seguir trabajando. Al retornar la actividad, consiguió ganar 10 de los siguientes 12 partidos. En tan solo 40 días, el «Verde» pasaría del puesto 13 al cuarto lugar de la Liga Nacional, finalizando la segunda fase con 59 puntos y un récord de 19-11 a su favor.

ZONA DE PLAYOFF Y CAMINO AL TITULO

En playoffs el equipo de Comodoro dejó en el camino a Boca y Ben Hur, para llegar a la definición con Libertad de Sunchales, que llegaba como el favorito de todos, con Sebastián Ginobili como su referente. En el primer partido de la final, disputado en el Hogar de los Tigres, el conjunto local derrotó 80-72 a Gimnasia. Pero en el juego 2, el «Verde» se recuperaría: con 30 puntos de Scales y 17 de Moldú, empataría la serie con un triunfo 99-78.
Con un Socios Fundadores en su máximo esplendor, Gimnasia se pondría al frente superando en el tercer juego por 93-69. Mientras que en el cuarto partido, también en Comodoro Rivadavia, Gimnasia obtuvo un nuevo triunfo, esta vez por 95-74, que lo dejaba match-point de su primer título.
La final se mudaría otra vez a Sunchales. Como en toda la serie, los de Duró volvieron a manejar el trámite pero los locales despertaron en el complemento con los triples de Jorge «Chino» Benítez y McDaniel, para darlo vuelta por 90-86 y ponerse 3-2. 
En el retorno a Comodoro, al cuerpo técnico del equipo chubutense se le ocurrió la posibilidad de llamar a Diego Romero para que reemplace al cubano Herrera. Como Romero venía del básquetbol universitario de Estados Unidos, quedaba fuera de esta reglamentación. Así fue que Nicolás Casalánguida se contactó con el jugador -en aquel entonces de 23 años- para que sea partícipe de ese sexto juego. El mismo se llevó a cabo el 1º de junio de 2006 en el Socios Fundadores. Romero terminó jugando 21 minutos, donde aportó 12 puntos y 4 rebotes. Sin embargo, la gran estrella de la noche fue Gabriel Cocha. El capitán se hizo cargo de la última bola del partido, tras la reposición por un triple de Benítez que puso a Libertad a 2 puntos de Gimnasia (82-80) con sólo 11 segundos por jugar.
Tras recibir el balón, automáticamente le hicieron falta personal para mandarlo a la línea. Las estadísticas marcaban que Cocha llegaba con 153 libres convertidos sobre 157 lanzados en la temporada; y de local tenía 100% de efectividad, con 95 conversiones en la misma cantidad de intentos. El primer libre fue con suspenso pero ingresó y el segundo entró sin tocar la red, para desatar la locura del público presente en el Socios Fundadores. Fue victoria 84-80 de Gimnasia y Esgrima, que se consagraba por primera vez en su historia con el título de la Liga Nacional y ponía el nombre de Comodoro, (Chubut), en la cima del básquet argentino.

Al retornar la actividad, consiguió ganar 10 de los siguientes 12 partidos. En tan solo 40 días, el «Verde» pasaría del puesto 13 al cuarto lugar de la Liga Nacional, finalizando la segunda fase con 59 puntos y un récord de 19-11 a su favor.