Cumplió 121 años la villa de Puerto Pirámides

Años más tarde, a fines del siglo XIX, se inició la explotación de sal de la Salinas Grandes, creándose el asentamiento de Puerto San José.Hacia 1898, se crea una empresa para hacer más efectiva la explotación de sal. La zona de embarque pasó a ser Puerto Pirámides debido a sus condiciones de puerto natural, abandonándose Puerto San José.
El 14 de julio de 1900 se autorizó la creación del Ferrocarril de Península Valdés. Esto se toma como fecha de fundación de la localidad. El ferrocarril provocó el asentamiento de pobladores, talleres, almacenes y servicios varios, en torno a la estación.
Con el tendido de un ferrocarril para llevar hasta la costa los cargamentos de sal, principal explotación del momento, para después transportarla por barco hasta Buenos Aires. El poblado creció y prosperó sumando esta explotación de las loberías. Por entonces eran muy preciados los cueros, la grasa y subproductos de los lobos y elefantes marinos, los que eran sorprendidos mientras descansaban en la playa y apaleados hasta su muerte. Estas crueles matanzas llegaron a poner en peligro las colonias existentes.
Aquí fue donde se inició con la construcción de la línea. Para las obras se levantó un campamento de grandes carpas, que alojaron a los obreros y sus familias. Tras realizar el triángulo de maniobras, luego se colocaron las vías. En el joven poblado se construyó un hotel, la comisaría, la sede de la administración (que contó con un amplio frente de vidrios de colores), el depósito de combustible y un galpón para herrería y taller mecánico que hacía de depósito de las vías. 
Luego se construyó el correo, el telégrafo y las casas para maquinista principal, para el foguista principal, para el herrero, para el cambista y para el estopero.La mayoría de las edificaciones eran de madera y de chapas de hierro plegado.
Mientras tanto, hacia 1900, Lorenzo Machinea obtuvo la concesión oficial y exclusiva de la explotación de las loberías y elefanterias de la península, cuya administración la tenía en Puerto Pirámides. Actualmente, estas prácticas están prohibidas.
Como en todo lo largo de la costa patagónica oriental, un problema fundamental para la instalación de población fue el agua potable, ya que la salinidad de las aguas hacia casi imposible la permanencia de comunidades.
Debido al desarrollo comercial por el ferrocarril, se instalaron en el puerto pobladores con sus familias que instalaron comercios, boliches, bares, casas de ramos generales, etcétera. También se instaló un local comercial de la Sociedad Anónima Importadora y Exportadora de la Patagonia. Producto de la importancia que adquiría la localidad, el gobierno del Territorio Nacional del Chubut instaló un juzgado de paz, una representación de Prefectura Naval Argentina y la Escuela Nacional 28 (creada en 1914). Más adelante nació la iglesia Virgen de Nuestra Señora del Perpetuo Socorro, que funcionaba en una precaria edificación y era asistida por el padre Juan Muzio, que llegaba desde el valle inferior del río Chubut. En esa época, además, se creó el Club Social y Deportivo Pirámides. 
La línea férrea cerró en 1920. Hacia ese momento la localidad tenía unos 1200 habitantes. La cantidad de habitantes de Puerto Pirámides disminuyó hasta los años setenta cuando el turismo se comenzó a desarrollar.
El 24 de noviembre de 1930, por decreto del entonces gobernador, capitán de navío Domingo Castro, se creó la Comisión de Fomento Rural de Puerto Pirámides. Posee planta desalinizadora de agua de mar, instalada en la década de 1990. 
El acceso se realiza, desde la Ruta Nacional 3, por la Ruta Provincial 2. Puerto Pirámides se encuentra a 80 km de distancia. Antes de llegar a Puerto Pirámides hay un control y debe pagarse una tarifa desde febrero de 2020 tanto  para extranjeros, como  para residentes argentinos y chubutenses. Luego más adelante se encuentra el centro de información a los visitantes el cual cuenta con baños, wifi y dispone de mapas, folletos y referencias del lugar, además de un mirador.

En 1972, llegó a Puerto Pirámides Jacques Cousteau a bordo del Calypso, vio que en el golfo solo se encontraban las ballenas dirigiéndose al Golfo San José, para aparearse y tener a sus crías. En ese momento, algunos de los buzos vieron el interés que ellas despertaban en los pocos turistas que visitaban el área y comenzaron a realizar excursiones en sus embarcaciones. Al año siguiente aparecieron en el Golfo Nuevo, las primeras cuatro hembras con crías que permanecieron durante toda la temporada. Luego se creó la primera empresa de avistaje de ballenas y actividades náuticas del puerto, que en ese entonces no llegaba a los ochenta habitantes. En 2014 se instala en la zona el Yellow Submarine, buque semisumergible destinado al avistamiento de ballenas. Actualmente la localidad cuenta con seis hoteles, quince casas de campo y dos campamentos.